Кафедра факультетской хирургии была основана в 1900 году. Основателем является известный хирург А. А. Кадьян. До 1917 года кафедрой короткое время руководили Ю. Ю. Трейберг, Р. Р. Вреден. Основное развитие кафедры в этот период связано с именем Г. Ф. Цейдлера, выдающегося российского хирурга. Он сформировал известную хирургическую школу, образцово организовал учебный процесс. Первым в России ушил рану сердца, обосновал раннее хирургическое лечение острого аппендицита, предложил этапную операцию при осложненном раке ободочной кишки. В этот период на кафедре впервые были выполнены пневмонэктомия и резекция желудка (при раке).
С 1917 по 1941 год кафедрой руководил известный хирург, ученик Г. Ф. Цейдлера, В. А. Шаак. Этот период истории кафедры характеризуется интенсивным развитием абдоминальной и сосудистой хирургии, хирургии легких. Впервые в стране стала применяться спленэктомия при некоторых гематологических заболеваниях. Созданы учебники по общей хирургии и хирургическим болезням, впоследствии многократно переизданные и ставшие очень популярными. Написано руководство «Ошибки и опасности в хирургии».
С 1941 по 1944 год кафедра работала как военно–полевой госпиталь. Здесь получили лечение тысячи раненых с фронтов и жителей блокадного Ленинграда. Кафедрой в этот период руководили Е. С. Драчинская и Л. С. Бекерман. В труднейших условиях на кафедре продолжалась научная работа, лишь на короткое время было приостановлено обучение студентов.
В 1944 году кафедру возглавил выдающийся российский хирург П. А. Куприянов. После окончания Великой Отечественной войны под его руководством сотрудники кафедры обобщили военный опыт. Особое место занимают изданные под редакцией П. А. Куприянова и И. С. Колесникова десятитомный «Атлас огнестрельных ранений», «Лечение ран на войне» и другие работы.
С 1948 по 1955 год кафедрой руководил А. В. Мельников, несколько изменивший направления в лечебной и научной сферах деятельности кафедры. Большие успехи связаны с разработкой методов диагностики и лечения рака желудка. Известны монографии А. В. Мельникова «Клиника рака желудка» и «Клиника предопухолевых заболеваний желудка». Интенсивно развивалась хирургия щитовидной железы. Е. С. Драчинская предложила оригинальную операцию при токсическом зобе и издала монографию «Хирургия щитовидной железы».
В 1955 году кафедру возглавил В. И. Колесов. Под его руководством бурное развитие получила кардиохирургия и хирургия легких. В 1964 году после многочисленных экспериментальных исследований впервые в мире выполнена операция прямой реваскуляризации сердца — маммаро–венечный анастомоз. Дальнейшее развитие получила абдоминальная и неотложная хирургия.
В 1976 году на кафедру был избран заведующим Л. В. Лебедев. В этот период особое внимание уделялось сосудистой хирургии. За разработку сосудистых операций с использованием микрохирургических технологий сотрудники кафедры Л. В. Лебедев, В. Н. Вавилов и Г. Н. Горбунов получили в 1982 году Государственную премию СССР.
С 1993 года на должность заведующего кафедрой был избран профессор В.М. Седов. Под его руководством успешно продолжались исследования, посвященные проблемам хирургического лечения заболеваний органов желудочно-кишечного тракта, неотложной хирургии, сердечно-сосудистой хирургии. Большое внимание уделялось разработке новых современных хирургических технологий. На кафедре были выполнены многочисленные исследования в области диагностики и лечения ишемической болезни сердца и головного мозга, аритмий сердца, заболеваний аорты и ее ветвей, онкологических заболеваний, патологического ожирения и метаболического синдрома, острого панкреатита и острой кишечной непроходимости, желудочно-кишечных кровотечений, грыж, заболеваний венозных и лимфатических сосудов, эндокринных и гематологических заболеваний. Большой вклад был внесен в разработку и внедрение новых медицинских технологий: создание эндотелизированных сосудистых протезов, совершенствование эндовидеохирургических вмешательств, эндоваскулярные операции, создание оригинального отечественного оксигенатора, совершенствование операций на проводящих путях сердца, применение стволовых клеток в кардиологии, исследование молекулярно-генетических маркеров при раке различной локализации.
В 2017 году кафедру возглавил академик РАН, д.м.н., профессор Г.Г.Хубулава.
